曲阜是国务院首批公布的24个历史文化名城之一，是黄帝生地、神农故都、少昊之墟、商奄故国、周汉鲁都、孔子故里，文化底蕴深厚，文物古迹众多。以世界文化遗产“三孔”为代表的曲阜古建筑遗存，既是北方官式建筑的代表，又有自己独特的地域性，历史文化内涵非常丰富，具有很高的学术研究价值，是全面系统研究明清官式建筑营造技艺的理想之地。2013年11月，习近平总书记视察曲阜，殷切希望曲阜要发挥好孔子思想及儒家文化的重要价值，建设“首善之区”。根据中央有关领导和省委主要领导的指示，2014年4月曲阜启动了“三孔古建筑彩画保护工程”。2015年7月，“明清官式建筑保护研究国家文物局重点科研基地曲阜分基地”和“山东省文物局文物保护科学与技术研究重点基地”在曲阜挂牌成立。两大文物科研基地的目标，是以“三孔”明清官式古建筑群为平台，系统研究中国传统建筑材料、技艺、形制等学术空白，建设明清官式古建筑学术研究高地。科研基地的建设及日常运营由曲阜三孔古建筑工程管理处具体承担。

为更好地向海内外游客宣传普及中国古建筑文化知识，展示三孔古建筑的传统技艺、文化记忆和保护成果，及时展示两大基地的研究成果，搭建明清官式建筑研学体验的大众平台，2016年3月，三孔古建筑工程管理处启动了古建筑博物馆建设。

说起曲阜的建筑史，就离不开曲阜的城市发展史。曲阜位于中国史前文明的中心区域汶泗流域，是中国东部地区的古代文化发源地之一，五千多年来从未中断其城市历史，历代建筑就成为集中展示汶泗流域营器之道的综合载体和彰显文明的重要标志。因此，曲阜古建筑记忆博物馆的主题就是“成器之道、文枢之光”，聚焦曲阜明清官式古建筑特色，用中国古建筑的传统材料＋传统工具，展示传统工艺；通过建筑形制的演变，展现周文化、鲁文化及儒家文化对曲阜古建筑发展的深远影响。

曲阜古建筑博物馆在空间布局上分为5大功能大区，即序厅、第一展区文化·记忆、第二展区技艺·传承、第三展区责任·使命和尾厅，从多个角度诠释了博物馆的主旨。