曲阜市三孔古建筑工程管理处，其前身是成立于1949年的曲阜市文物管理委员会古建筑修缮队。管理处的技术工人均来自修缮世家，其祖、父辈就从事孔氏家族的房屋等修缮保养，世世相袭，代代传承，聚集了一大批高水平的文物保护管理人员和技术工人。半个多世纪以来，始终致力于古建筑保护与修缮的传承、研究和发扬，素以历史悠久、技术精湛、成果丰硕闻名业界。今天，已发展成为管理机构完善、管理体系科学、施工技艺高超、人才队伍成熟的专业古建筑保护与修缮机构。先后取得了文物保护工程一级施工资质、园林古建筑工程一级施工资质、文物保护工程勘察设计甲级资质，成为山东省同时拥有古建筑设计、施工资质的唯一古建筑企业，作为国内古建修缮行业的创领者之一而闻名海内外。

管理处做为专业负责曲阜境内文物建筑的日常保养与维修工程的施工队伍，担负着曲阜208处各级文物保护单位的修缮保养工作。在设计和维修工作中，管理处始终坚持“不改变文物原状”和“原形制、原工艺、原做法、原材料”的古建筑修缮原则，完成了多项国家级重点文物保护单位的设计和维修工作。先后完成了孔庙奎文阁落架大修工程、曲阜论语碑苑建设工程、曲阜鼓楼门大修工程、曲阜南北城门抢险加固工程、孔府大堂维修工程、孔庙大成殿、寝殿、圣迹殿维修工程、颜庙复圣殿落架大修工程、颜庙建筑群维修工程、尼山孔庙及书院保护工程、曲阜周公庙建筑群维修工程、曲阜鲁国故城大遗址保护工程、孔府西路建筑群维修工程、孔府后花园整修工程、孔府九如堂、西仓恢复建设等文物保护工程，并承建了曲阜明故城墙一、二期和城门楼建设工程。设计了孔府西路建筑群维修工程、颜庙复圣殿落架大修工程、颜庙建筑群维修工程、曲阜周公庙建筑群维修工程、济宁大运河遗产点闸坝修缮工程、广饶县关帝庙大殿维修工程、济宁潘家大楼维修工程、曲阜孔氏府第及县衙维修等工程。2011年至2014年，管理处负责施工的“颜庙复圣殿落架大修工程”、“孔府西路建筑群维修工程”、“尼山孔庙古建筑群维修工程”连续三年荣获“全国十佳文物保护工程奖”，取得了“三连冠”的骄人成绩，曲阜市三孔古建筑工程管理处也因此获得了“中国文化遗产保护与传承典范单位”的荣誉称号。

1994-1995年间，受国务院领导安排，管理处独立承担了北京中南海西花厅的修缮工作，施工质量全部达到优良。工程完工后，施工人员受到了国务院领导的亲切接见，该工程荣获山东省政府施工管理奖，济宁、曲阜市政府也授予多项奖励。受其他省市文物局邀请，先后承担了北京西黄寺修缮工程、蓬莱水城恢复建设工程、烟台福建会馆维修工程、广饶县关帝庙大殿维修工程、济宁崇觉寺维修工程、济宁太白楼维修工程、临朐东镇庙恢复建设工程、汶上宝相寺维修工程、聊城光岳楼大修工程、山东省博物馆建设工程、青岛1388明代文化街建设等多项维修与新建仿古工程的施工任务，都受到当地文物部门的一致好评。

根据中央有关领导和山东省委主要领导关于要抓紧实施“三孔”等古建筑的彩绘抢救性保护工作的指示精神，2014年4月曲阜市三孔古建筑工程管理处受命承担“三孔”等古建筑彩绘保护工程任务。2015年5月，故宫博物院与山东省文物局达成了战略合作协议，将国家级文物重点科研基地分支设在山东曲阜。山东省文物局为此专门在曲阜设立了“山东省文物局文物保护科学与技术研究重点基地”，开展“曲阜孔庙、孔府、孔林古建筑保护之油画研究”重点课题，同时授权曲阜市三孔古建筑工程管理处成立古建筑培训中心，举办与古建筑维修相关的各种业务培训，分基地设在曲阜能够更好的发挥科研教学平台的作用。同年7月18日，“明清官式建筑保护研究国家文物局重点科研基地曲阜分基地”和“山东省文物局文物保护科学与技术研究重点基地”双双宣告在曲阜市三孔古建筑工程管理处挂牌成立。备受世人瞩目的三孔古建筑彩绘保护工程在顺利完成了前期各项筹备工作后，即日起正式开工。基地成立以来，相继举办了三孔古建筑彩绘保护工程培训班、中国孔庙保护协会古建筑保护管理培训班、山东省文物保护工程技术管理培训班、全省文物保护与古建维修高级研修班等多期全国性、行业性培训项目，取得了良好社会效果，促进了行业发展。

近年来，管理处还承接了多项与国家对外交往有关的工程项目。完成了欧盟古泮池项目、世行孔孟遗产地项目、日本奈良市相麻原寺大殿维修项目；精工制作了孔子像、神龛、祭器、曲阜孔庙中轴线建筑的微缩模型，在东南亚各国和地区展出，使中国的古建筑艺术在国外得以传播。曲阜孔庙做为中国孔庙保护协会的会长单位，管理处积极履行全国孔庙保护与管理职责，积极支持各地孔庙修缮保护及规划建设，相继完成了福建长泰文庙复建工程、汶上文庙修缮工程、巨野文庙规划方案设计等多地孔庙、文庙、书院的修缮与建设项目，举办了多期“全国孔庙古建筑保护培训班”，参与组织了协会年会及各类活动的开展。管理处与东南大学、北京建筑大学、天津大学等国内一流建筑科研院所保持了良好的学术交流与长期合作关系，先后完成了孔庙、孔府、孔林、颜庙等建筑的测绘及研究，曲阜境内全部古建筑的数字化测绘工作，使曲阜的古建筑保护工作水平有了显著提高。